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故事一開始就是追殺。哈利在17歲生日前離開德斯里家，鳳凰社的6個成員服用分身藥化成哈利的樣子，但真正的哈利還是被認了出來，伏地魔和食死徒半途攻擊，但哈利的魔杖毀損了伏地魔的魔杖，在付出慘重代價(多人喪生)后終于逃脫。

　　幾天后魔法部長給哈利、羅恩和赫敏帶來鄧布利多的遺贈。第二天比爾和芙蓉婚禮，婚禮上傳來消息說伏地魔攻占了魔法部，哈利三人輾轉躲入格里莫廣場12號布萊克家的老房子。偵查了一個月之后，三人潛入魔法部偷出魂器，同時他們發現有麻瓜血統的巫師正受到審問和迫害，就解救了幾名麻瓜血統的巫師。但他們的行蹤也暴露，三人只得逃往農村。

　　幾個月后，三人聽說古靈閣妖精銀行里的葛來芬多劍是贗品，而真正的劍被鄧布利多用來摧毀一個魂器后不知所終，哈利打算去找劍，但是羅恩反對，與哈利大吵一架后離隊。哈利和赫敏還是決定前往高迪克山谷。在高地克山谷，兩人遇到一個老婦， 自稱是鄧布利多家的老朋友，跟她回家。誰知老婦是毒蛇娜吉妮假扮的，幸好兩人機警逃生。

　　兩人終于在一只雌鹿的帶領下找到葛來芬多劍的隱藏處。哈利潛水尋劍，但身上的魂器卻纏住脖子，差點把他溺死。關鍵時刻羅恩出現救起哈利，也把劍撈出來摧毀了魂器。赫敏發現了下一步的任務：找到盧娜.洛夫古德的父親討教一路上出現過多次的格林沃德記號的涵義。

　　在洛夫古德家中，三人了解了三件死亡圣物的傳說。盧娜被魔法部抓走，她的父親為救女兒告了密，三人再度驚險逃生，但哈利相信只要收集齊三件死亡圣物就能打敗伏地魔。接下來幾星期搜尋圣物和魂器無果，他們搜到一個電臺在講現在發生的事， 哈利一不小心吐出“伏地魔”三個字。這三個字是“禁忌”，被魔法標記，一說出來就會被食死徒找到。

　　三人就這樣被抓到馬爾福家，經受審訊、折磨。哈利用魔鏡的碎片向多比求救，他們殺死蟲尾巴后迅速逃跑，沒有遇上正匆匆趕來的伏地魔，可惜的是多比被殺。接下來的時間里，哈利進入與伏地魔意識連通的幻境，找到了一些魂器，但也讓伏地魔發覺了他們的行動。

　　哈利又一次進入幻境后推斷出伏地魔的居所，三人來到了此地。他們看到伏地魔命令毒蛇除掉斯內普，以把長者杖魔力傳給自己。彌留之際，斯內普把記憶送給哈利，原來他一直愛著哈利的母親莉莉，因此從來都是鄧布利多一邊。

　　哈利披上隱身斗篷去與伏地魔戰斗，發現海格被押作人質。哈利一現出身來就被一咒擊倒，醒來時彷佛進入一個生與死的邊緣，碰到已死的鄧布利多。哈利發覺咒語正巧擊潰了藏在自己體內的那一部分伏地魔的靈魂。

　　伏地魔命令海格把貌似死了的哈利帶回霍格沃茨，殺殺士氣。哈利趁亂披上隱身斗篷，納威敏捷地抽出葛來芬多劍砍掉了毒蛇娜吉妮的腦袋，藏在毒蛇體內的伏地魔最后一個魂器就這樣被毀掉。

　　哈利在大殿里面直面伏地魔，長老杖在伏地魔手中。哈利猜測長老杖原來的主人不是斯內普而是馬爾福，解除鄧布利多武裝的是馬爾福，而斯內普只是依照鄧布利多的愿望把他殺掉。然而解除掉馬爾福武力的人卻是哈利，所以長老 杖真正的力量在哈利這里。所以伏地魔用長老杖對哈利施死咒時，哈利讓死咒又反彈到伏地魔身上，伏地魔就這樣被結果了。

　　19年后，哈利和金妮有了三個孩子，羅恩和赫敏也有兩個孩子。兩家人在國王十字車站送孩子去霍格華茨學校，在這里他們遇見了不少故人。最終，哈利摸著前額上的閃電形疤痕，19年了，這塊疤痕再也沒有痛過。一切都好。