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　某國外交官在與一個要求避難的程序員代田會面，但被六課逮捕，行動中，此外交官突然被來歷不明的殺手擊斃，而殺手也逃之夭夭。此次行動其實是九課的杰作，因為政府不便出面，所以瞞者六課而命令九課消除麻煩。



　　某日，外相的翻譯被人動了手腳，九課在她的電子腦中發現了某種病毒，作案手法似乎是傳說中的“傀儡王”的風格?？芡跏且粋€被通緝的國際罪犯，他利用侵入大腦的方式，來指使別人為其工作。幾天后，素子他們發現有一個黑客經常入侵一些公共設施的電腦，于是九課布置陷阱，抓獲了這個身為清潔工人的黑客與給其程序的人?？墒菍弳栠^程中，他們卻發現此人的記憶早已被人所篡改，他的動機其實也是在別人的暗示之下進行的。而且那個提供程序的人的記憶也被人改動了，這兩人完全都不記得自己的過去、自己的家人，甚至自己的名字，他們就象一顆被人擺弄的棋子。



　　素子已經陷入了迷茫的階段，看著商店櫥窗里擺放的衣服人偶，她思考身為人類究竟該有何定義，難道這身體和人偶沒有區別嗎？記憶也可以更改，那么身為人類到底有哪些是屬于自己的呢？人類一生的記憶，與龐大的信息世界，就好比一滴水和大海的程度。



　　案件仍然沒有停止，素子卻有種仿佛被人凝視的感覺，她并不清楚這是哪里的視線。緊接著，麥格公司與政府合作生產的一個完全電腦人逃離公司，在夜間被車撞倒。九課接受了她的軀體。六課也派人來，并聲稱此電腦人軀體內有他們追蹤多時的傀儡王，于是一乾人等開始檢查該電腦人的軀體。軀體內的傀儡王表明自己不是 AI，雖然他的代號是“2501計劃”，但是他已有了察覺自我存在的意識。此時，九課遭到襲擊，電腦人軀體被搶走。素子跟蹤劫匪，并在一處破舊的廢墟找到了被六課藏匿的2501。



　　2501告訴素子，外交部、六課和麥格公司合作2501計劃，而主要的程序編制者就是代田，2501的誕生只是他們的工具而已，但他產生了自我意識，逃離了他們的控制。他開始思考自己的定位，最終他得出了答案：生命與死亡！這就是一個真正人類的行為。在他漫長的尋找同伴的過程中，他發現了草稚素子，經過觀察，他認為只有與她結合，他們才能更加完美。雖然結合的結果會導致2501自己的滅亡，可他仍然堅持認為：沒有死亡就不是真正的生物，只有死才能帶來生！這是生命不斷延續發展的動力。



　　此刻，六課的攻擊直升機已經找到了2501和素子，他們得到的命令是：消滅此二人！但是由于突然而來的乾擾電波，武器系統一直無法鎖定目標。



　　自己過去的經歷，以及2501對自己的影響，素子考慮后同意了他的要求：接受他，創造新的生命！一剎那間，仿佛天使般的降臨，素子和2501的靈魂融為一體。同時，乾擾消除，直升機立刻對目標做出了攻擊動作！即使巴特奮力抵擋也無濟于事，2501和素子都被消滅了……



　　一個新的素子誕生了，不，雖然她有著那人的記憶，但她并不是素子，這位少女看著龐大的世界，思考著：自己該何去何從……





    原聲音樂分為通常版與初回生產限定版兩種版本發售。本次發布的是初回生產限定版，不僅使用了普通CD唱機也能播放出更高音質的SHM-CD規格，更包含裝有樂曲《謡III- Reincarnation(2.0Ver.)》MV(使用影片的影像配制)的blu-rayDisc。