變種人的故事依然在延續。此前，成功越獄的“萬磁王”依然死性不改，干著四處破壞的惡人勾當。而且，在新故事當中，他再不是獨來獨往，更有了一班邪惡幫手和他共同將邪惡進行到底。而另一個重要的反面角色簡·格雷博士出人意料地在上一部犧牲之后又再次復活了。并且神奇地變身成為了黑暗可怕的“鳳凰女”，簡·格雷不但墮入了黑暗面，而且還擁有了極具破壞性的超能力，對整個地球和全人類都構成了巨大的威脅。同時，正義的X戰警方面也相繼增加了不少新成員。力大無窮且身手敏捷的“野獸”和背后生出雙翼能自由飛翔的“天使”。另外，在前兩部中活躍的主要角色們都將全員上陣，其中睿智的X教授、戰斗力依然強大且具統領變種人地位的金剛狼以及實力不凡的暴風女等依然占有主要的地位。經過幾番周折和驚心動魄的戰爭之后，最終還是將簡·格雷博士也就是“鳳凰女”從黑暗的世界中拯救出來，重回正義的一方。但是，面對大惡人“萬磁王”的陰謀和“鳳凰女”可怕的超級力量，新老X戰警們還是吃盡了不少的苦頭。