主要獎項 土星獎-最佳服裝等 / 面對如潮的電子烏賊,人類城市危在旦夕,墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決一死戰。此時,“救世主”尼奧的身體和思想卻意外分離,后者再度陷入到“母體”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不帶著尼奧的身體,回到“母體”和守護天使一起尋找他。一場大戰之后,守護天使、病毒雙胞胎等皆陣亡,而尼奧卻在找到先知之后一無所獲。錫安的局勢越來越危險,議員及指揮官相繼陣亡,機器的攻擊卻絲毫沒有因為人類的反抗而減弱。此時,被叛徒射瞎雙眼的尼奧,依然想通過希望去實現預言。這時,特工史密斯控制了先知,并變得越來越強大,威脅到了整個“母體”的穩定。在返回錫安的途中,飛船遭到電子烏賊的突襲,崔妮蒂死了,重傷的尼奧被帶到機器城市01。在和機器的談判中,尼奧答應為了人類和機器的共同利益,去消滅史密斯。于是,“母體”又面臨著一次翻天覆地的“重載”